在激戰(zhàn)中,，第三代使用“忍術(shù)·瓦片手里劍”攻擊大蛇丸,，但輕易被大蛇丸躲過，對(duì)方立即反擊,、以“潛影蛇手”襲擊他,；不過這只是他的“土替身”。第三代之后以“土遁·土流大河”,、“土遁·土龍彈”及“火遁·火龍彈”襲擊大蛇丸,，但大蛇丸不是泛泛之輩，雖然不敢再輕視第三代,，但亦揚(yáng)言自己不過這么簡(jiǎn)單被解決,。大蛇丸要求第三代認(rèn)真決戰(zhàn)來做個(gè)了斷，第三代亦“應(yīng)邀”脫去火影制服,，顯露其忍者戰(zhàn)裝,。不過，就在第三代使用“手里劍影分身之術(shù)”之時(shí),，大蛇丸以穢土轉(zhuǎn)生的形式將初代火影與第二代火影復(fù)活,，他們的意志被完全抹殺，被迫參加戰(zhàn)斗,，二人無法發(fā)揮原本的實(shí)力。在戰(zhàn)斗過程中,，初代火影與二代火影一同奔向日斬,，與日斬展開體術(shù)攻擊，但被日斬?fù)糸_,，之后,，日斬使用“火遁·火龍炎彈”從口中吐出火焰向兄弟二人撲面而來，面對(duì)火遁的攻勢(shì),，第二代火影使用水遁·水陣壁從口中猛烈噴出如海浪一般的水之墻,，抵擋住日斬的火遁攻擊！緊接著,，第二代火影雙手合十后,，使用水遁·水沖波在一瞬間憑空召喚出猶如龍卷風(fēng)般快速旋轉(zhuǎn)上升的水，之后水猶如瀑布一般擴(kuò)散并向下沖擊日斬，日斬則使用土遁·土流壁筑成巨巖阻擋洪水,；但就在從巖石返歸城樓之際,，先后被初代火影拳打腳踢后被二代火影強(qiáng)行拖入水中，在掙脫下才逃回土壁上面,。二代火影使用水遁·水?dāng)嗖ㄉ涑龆嘀鶕魸⑼帘?，日斬再度落在城樓之上。此時(shí)初代火影使用木遁秘術(shù)·樹界降誕從地上快速生長(zhǎng)出多棵樹木,，樹木連根拔起,，在一瞬間制造出一片森林，并且樹枝牢牢的捆綁住日斬的雙手與雙腳,。日斬?zé)o法解開樹枝的纏繞,，于是以“通靈”召喚出通靈獸“猿猴王”猿魔，并令其化為“金鋼如意棒”斬?cái)嗬p繞著的樹枝,。得到通靈獸“猿猴王”猿魔的協(xié)助,，日斬使用其化成的“金鋼如意棒”作為武器，跟大蛇丸從口中拿出的“草薙之劍·空之太刀”對(duì)戰(zhàn),，雙方打得一度不分勝負(fù),。但隨即初代與第二代紛紛來犯，他沒法同時(shí)對(duì)戰(zhàn)三人,，只好在初代及二代肢體上留下引爆符,，直接被大蛇丸踢飛。大蛇丸一度走近被打到城樓面上的第三代,，稱對(duì)其表示失望,，第三代亦一度因?yàn)橄肫鹜甑拇笊咄瓒鳒I起來。但不久日斬重拾戰(zhàn)意,，以敏捷的身手攻擊大蛇丸,，猿魔亦從如意棒中把手伸出、企圖勒死大蛇丸,。大蛇丸及時(shí)化為泥濘躲避猿魔的攻擊,，并向日斬展示自己臉皮底下的第二真面目--就是利用“不死轉(zhuǎn)生”、而成功侵占肉體的年輕女忍者面孔,。大蛇丸表示這只是他第二次轉(zhuǎn)生的容器,，而下一個(gè)目標(biāo)就是擁有寫輪眼的宇智波佐助。日斬引爆初代及第二代身上的引爆符,，以順利阻止兩者的攻擊,，然而他們“穢土轉(zhuǎn)生”的肉體可立即修補(bǔ)過來。修復(fù)身軀后的兩名火影,，即對(duì)愛徒繼續(xù)攻擊,。初代使用木遁術(shù)欲再抓擊日斬,，但幸虧猿魔化成“金鋼牢壁”及時(shí)保護(hù)他。初代亦使用“幻術(shù)·黑暗行之術(shù)”,，將日斬封鎖在黑暗環(huán)境當(dāng)中,，并對(duì)日斬展開攻擊。

　　由于此時(shí)的日斬年邁體衰,，實(shí)力已不如全盛時(shí)期這么厲害,，因此，日斬只好使用禁術(shù)尸鬼封盡,，隨后,，日斬使用兩個(gè)影分身將初代火影和二代火影封印，由自己的本體封印大蛇丸,，但由于在封印過程中,，日斬不幸被大蛇丸操縱草錐劍從背后插入，迫使日斬?zé)o力將大蛇丸的靈魂抽出,，因此日斬決定利用死神將大蛇丸雙手廢掉,，使大蛇丸永遠(yuǎn)不能結(jié)印以使用忍術(shù)。在第四次忍界大戰(zhàn)中,，大蛇丸獲取漩渦一族收納堂的死神面具,，切開腹部釋放了被死神吞掉的靈魂，恢復(fù)了雙手,，利用佐助體內(nèi)的四個(gè)白絕分身作為活體祭品,，以穢土轉(zhuǎn)生的形式復(fù)活了歷代火影，期間日斬向佐助講述了他所知道的有關(guān)宇智波鼬,、宇智波一族和木葉村的一切,，在講述完一切之后，佐助決定守護(hù)木葉,，于是日斬與其他三位火影一同趕赴前線戰(zhàn)斗,。日斬奔赴戰(zhàn)場(chǎng)后，與其他三位火影聯(lián)合發(fā)動(dòng)四赤陽陣封住十尾,；而此時(shí)的十尾釋放出一顆尾獸玉,，企圖破壞結(jié)界，三代火影已提高警惕做好準(zhǔn)備,，成功防御了十尾的尾獸玉攻擊，使十尾自食苦果,。隨后日斬自豪的笑了,，看到鳴人佐助小櫻三人，讓日斬想起了自己的弟子大蛇丸,、自來也,、綱手,，隨后，日斬宣稱,，新時(shí)代來臨了,，讓鳴人佐助小櫻盡管沖。此時(shí)帶土使用六道十尾柩印將十尾吸收在自己的體內(nèi),，形成球體狀,，緊接著球體破碎。帶土成功變成十尾人柱力,，打破了柱間的明神門,，利用背后紅色的火焰形成的手扯碎了四赤陽陣。隨后日斬觀賞了第二代火影大人發(fā)明的互乘起爆符,，因?yàn)槿諗厍宄鹩按笕诉@招的威力,，所以告誡水門快跑。

　　為了分析帶土的出招和能力,，日斬使用大型手里劍影分身獨(dú)自一人對(duì)抗十尾人柱力模式的宇智波帶土,，不幸被帶土使用陰陽遁球體擊碎上半身，后自行恢復(fù),。此時(shí)的帶土已經(jīng)發(fā)動(dòng)無限月讀,，神樹的根莖瘋狂地生長(zhǎng)亂竄，所到之處忍者聯(lián)軍的查克拉都被吸走,，在千鈞一發(fā)之際,，日斬使用如意金箍棒打斷神樹分裂體的樹根，救出險(xiǎn)些被十尾吸盡查克拉的鳴人,。隨后日斬通過第二代火影的飛雷神術(shù)來到忍者聯(lián)軍的戰(zhàn)場(chǎng),。日斬與大蛇丸聯(lián)手對(duì)抗神樹分裂體，師徒二人先利用大蛇丸潛影蛇手纏繞住神樹分裂體,，之后日斬使用金箍棒將神樹打斷,。經(jīng)過眾人不懈的努力，十尾人柱力帶土終于被擊敗了,。之后,，日斬與忍者聯(lián)軍聯(lián)手對(duì)抗使用木人之術(shù)的阿飛，在緊要關(guān)頭,，日斬使用五遁大連彈術(shù)抵消了阿飛的攻擊,，保護(hù)了忍者聯(lián)軍。在宇智波斑發(fā)動(dòng)無限月讀后,，由于是穢土轉(zhuǎn)生之軀的猿飛日斬和其他三位火影并沒有受到影響,。日斬原本打算用手扯斷包裹著中了無限月讀人們的樹藤，然而卻沒有一個(gè)人醒來,，而且很快又有新的樹藤纏了上來,。隨后日斬察覺到鳴人他們戰(zhàn)斗的地方有異樣決定與其他三位火影一同前往查看,。為弄清斑的死因，第二代火影打算利用斑的下半身使用穢土轉(zhuǎn)生,，以此逼問斑當(dāng)前的戰(zhàn)況,，但因活祭品的問題而被初代火影否定，隨后四位火影嘗試別的辦法,，當(dāng)初代火影觸摸到失敗的斑的下半身時(shí),，六道仙人留下的查克拉出現(xiàn)，四位火影見到了六道仙人,。在大筒木輝夜被封印后,，與六道仙人以及其他16位已逝去的五影們共同使出通靈之術(shù)，將第七班,、九只尾獸以及瀕死狀態(tài)的宇智波斑從始球空間轉(zhuǎn)移回忍者世界,。之后由六道仙人解除穢土轉(zhuǎn)生，靈魂回歸凈土,。

　　而水門自童年時(shí)代便立志當(dāng)上火影,。漩渦玖辛奈原本不太看好他，認(rèn)為他過于陰柔,。但在她被云忍擄走時(shí),，水門是唯一一位注意到玖辛奈利用紅頭發(fā)留下追蹤線索的人，并從三位云忍手中救了她,，并夸贊她的紅頭發(fā)很漂亮,，完美地上演了一出“英雄救美”。玖辛奈對(duì)他的態(tài)度從此改變,，并愛上了他,，也愛上了她自己的紅發(fā)。第三次忍界大戰(zhàn)中,，水門遇到了云隱村AB組合——即將繼任雷影之位的第三代雷影之子·艾,，以及其義弟八尾人柱力·奇拉比。水門與兩人展開激烈交戰(zhàn),，在戰(zhàn)斗中水門對(duì)奇拉比的實(shí)力大加贊賞,，并且看穿了比所擁有的“珍貴之物”，以此對(duì)艾進(jìn)行開導(dǎo),，但艾并沒有理解水門所說之話的含義,，戰(zhàn)斗以雙方平手結(jié)束。

　　此后,，木葉因前所未有的戰(zhàn)力缺失,，所以令當(dāng)時(shí)還是上忍的波風(fēng)水門以及旗木卡卡西、野原琳,、宇智波帶土去炸毀敵方補(bǔ)給要道——神無毗橋,。當(dāng)時(shí)12歲的卡卡西當(dāng)日晉升上忍，水門將帶有飛雷神標(biāo)記的苦無送給卡卡西,。身為上忍的卡卡西帶領(lǐng)琳和帶土自成一隊(duì),，在遭遇敵人之時(shí)率先發(fā)動(dòng)攻擊，但因?yàn)闆]意識(shí)到“千鳥”的缺陷而陷入危機(jī),，此時(shí)水門以飛雷神之術(shù)迅速斬殺敵軍的上忍,，在救下卡卡西之后前往正面戰(zhàn)場(chǎng)。后卡卡西遇險(xiǎn),，水門以苦無上的標(biāo)記救下卡卡西,，并得知了帶土的死訊。之后,，與卡卡西和琳一起摧毀了神無毗橋并且結(jié)束了第三次忍界大戰(zhàn),，從此名揚(yáng)忍界。第三次忍界大戰(zhàn)結(jié)束后,，在木葉做出讓步的前提下,，木葉與巖忍村簽訂了和約。為了對(duì)在戰(zhàn)爭(zhēng)中犧牲的木葉忍者負(fù)責(zé),，同時(shí)迫于木葉高層的壓力,，第三代火影主動(dòng)辭去了火影之位。憑借在第三次忍界大戰(zhàn)中出色的表現(xiàn)和強(qiáng)大的實(shí)力,，在征得火之國(guó)大名的一致同意之后,，水門順利成為了火之國(guó)木葉忍者村的第四代火影。

　　在鳴人出生當(dāng)天,，水門喜極而泣,。但就在此時(shí)，一個(gè)戴著面具的神秘男子突然現(xiàn)身,，殺死除水門一家外所有在場(chǎng)人員,，并挾持了鳴人來威脅水門?！懊婢吣小钡哪康氖强刂凭列聊误w內(nèi)的九尾襲擊木葉,。雖然水門救下了鳴人，但“面具男”劫走了玖辛奈并打開封印放出了九尾,，九尾在“面具男”操縱下對(duì)木葉大肆破壞,。水門及時(shí)救下了玖辛奈，在安置好鳴人和玖辛奈之后便前去迎戰(zhàn)九尾,，在用時(shí)空結(jié)界成功轉(zhuǎn)移九尾的尾獸玉后,，“面具男”突然從背后偷襲，水門用飛雷神之術(shù)脫身。隨后二人展開對(duì)決,。水門懷疑“面具男”可能是當(dāng)年與初代火影交戰(zhàn)過的宇智波斑,，而且是個(gè)極其危險(xiǎn)的人物，必須阻止他,。在經(jīng)過兩個(gè)回合的交手后,，水門分析出對(duì)手忍術(shù)的弱點(diǎn)并制定出克敵之策，使用飛雷神二段并以螺旋丸重創(chuàng)“面具男”,，并在“面具男”身上留下了飛雷神術(shù)式,。隨后水門使用契約封印解除了“面具男”對(duì)九尾的控制，“面具男”受傷逃走,。此時(shí)九尾仍然襲擊木葉,，水門以飛雷神之術(shù)將自己和九尾帶離木葉村，同時(shí)將玖辛奈和鳴人帶至現(xiàn)場(chǎng),。水門認(rèn)為“面具男”將來一定會(huì)給忍界帶來腥風(fēng)血雨,，為了阻止他，水門決定讓鳴人成為九尾人柱力,。水門將九尾的陰屬性查克拉以尸鬼封盡和自己一同封印在死神體內(nèi),，陽屬性查克拉則以八卦封印封印到剛出生的鳴人體內(nèi)，同時(shí)把自己和玖辛奈殘余的查克拉一同封印入鳴人體內(nèi),。在對(duì)鳴人留下最后的遺言后,，水門和玖辛奈便雙雙去世。