之后水門(mén)與二代火影使用飛雷神互瞬回旋術(shù)配合灼遁·光輪疾風(fēng)漆黑矢零式擊中帶土,，但被帶土使用陰陽(yáng)遁將其無(wú)效化。而后,，水門(mén)因?qū)了f(shuō)的相當(dāng)于忍者始祖的力量感到不解而詢(xún)問(wèn)二代火影大人,，二代火影憑借自己生前的戰(zhàn)斗經(jīng)驗(yàn)冷靜的分析出帶土的能力是以陰陽(yáng)遁為基礎(chǔ)的術(shù)，能夠?qū)⑺腥绦g(shù)無(wú)效,，也就是說(shuō)即使是穢土轉(zhuǎn)生的身體,，只要中招，也會(huì)因?yàn)闊o(wú)法轉(zhuǎn)生而死亡,。并告誡水門(mén)不能再受傷了,，水門(mén)也因此變得更加謹(jǐn)慎的戰(zhàn)斗。

　　接著第二代火影與鳴人察覺(jué)到了帶土不能化解仙術(shù)的弱點(diǎn),，之后第二代火影以飛雷神之術(shù)配合鳴人的仙術(shù)螺旋丸瞬間移動(dòng)至帶土的身后對(duì)其造成傷害,。望著空中的鳴人，水門(mén)對(duì)鳴人連自來(lái)也老師的仙術(shù)都學(xué)會(huì)了表示感嘆,。緊接著帶土在地面上制造出神樹(shù)并同時(shí)釋放出四顆尾獸玉,，第二代火影原本打算與水門(mén)使用飛雷神術(shù)一人轉(zhuǎn)走一個(gè)，但因考慮到即使轉(zhuǎn)走了兩個(gè)，但剩余兩個(gè)尾獸玉卻無(wú)法轉(zhuǎn)移的問(wèn)題而嘗試別的辦法,，初代火影告訴大家不用擔(dān)心,，只要改變尾獸玉的運(yùn)行軌道就可以，到時(shí)候四位火影會(huì)想辦法把它們打到海上,，并拜托大家制造土遁之壁,，自己用樹(shù)界降誕將尾獸玉引導(dǎo)向大海，然而柱間的想法立即被帶土徹底打消,，帶土使用六赤陽(yáng)陣封將忍者聯(lián)軍封鎖在結(jié)界里,，之后二代火影意識(shí)到只能用飛雷神術(shù)把尾獸玉轉(zhuǎn)移到結(jié)界外部去了，隨后二代火影詢(xún)問(wèn)水門(mén)能否同時(shí)轉(zhuǎn)移兩個(gè),，然而四代火影的飛雷神在無(wú)法標(biāo)記的情況下,，一個(gè)已經(jīng)是極限，所以水門(mén)嘗試別的辦法,。

　　隨后水門(mén)打算將尾獸玉連同樹(shù)一起轉(zhuǎn)移到結(jié)界外部去，然而這一想法卻被帶土嘲笑,，在緊要關(guān)頭,，鳴人提出了一個(gè)主意，水門(mén)與鳴人碰拳使自己的查克拉與鳴人的查克拉進(jìn)行接觸,，從而使自己的查克拉與鳴人留在忍者聯(lián)軍神樹(shù)的查克拉連接了起來(lái),，因?yàn)槿陶呗?lián)軍身上附有鳴人和九喇嘛的查克拉，所以使水門(mén)成功將忍者聯(lián)軍所有人轉(zhuǎn)移到了結(jié)界外部,，隨后第二代火影也詳細(xì)解說(shuō)了這是利用了影分身的原理,，即便自身的查克拉分散四處，只要有哪怕微量的查克拉殘余,，當(dāng)本體為控制查克拉再次開(kāi)始凝練時(shí),，分散的查克拉便會(huì)產(chǎn)生共鳴而聯(lián)動(dòng)。

　　緊接著水門(mén)與鳴人開(kāi)啟九尾尾獸化,，在第二代火影使用飛雷神術(shù)的幫助下,，瞬間轉(zhuǎn)移至帶土的身后，使用螺旋丸成功擊中帶土,，但被帶土使用陰陽(yáng)遁抵擋,。因此與帶土打了平手。此時(shí)的帶土已經(jīng)發(fā)動(dòng)無(wú)限月讀,，神樹(shù)的根莖瘋狂地生長(zhǎng)亂竄,，所到之處忍者聯(lián)軍的查克拉都被吸走，由于神樹(shù)分裂體的樹(shù)藤消耗了水門(mén)太多的查克拉,，因此使水門(mén)無(wú)法拯救鳴人,，只能眼看著鳴人即將被神樹(shù)分裂體的樹(shù)藤吸盡查克拉。隨后水門(mén)通過(guò)第二代火影的飛雷神術(shù)來(lái)到忍者聯(lián)軍的戰(zhàn)場(chǎng),。

　　為了能夠打敗帶土,，他將自己的陰性九尾查克拉模式的部分力量傳輸給鳴人,。水門(mén)為了拯救鳴人的性命打算將自身的陰九尾查克拉傳輸給鳴人，卻在傳輸?shù)耐局斜缓诮^將陰性九尾查克拉吸收,，隨后,，水門(mén)使用螺旋丸轟炸黑絕，但黑絕卻通過(guò)浮游術(shù)鉆在地底下,。緊接著斑也到達(dá)現(xiàn)場(chǎng),。為了取回輪回眼，斑開(kāi)始再次勸誘帶土,，此時(shí)波風(fēng)水門(mén)進(jìn)入仙人模式企圖使用螺旋丸向斑發(fā)起攻擊,，卡卡西和我愛(ài)羅也同時(shí)展開(kāi)行動(dòng)阻止帶土走向斑，斑無(wú)視水門(mén)的突襲使用六道權(quán)杖瞬間打斷了水門(mén)的手臂,，并且無(wú)法恢復(fù),。隨后斑將水門(mén)與螺旋丸踢向我愛(ài)羅與卡卡西，因此,，三人的攻擊被斑瞬間化解,，卡卡西和我愛(ài)羅也因此被打飛。

　　失去雙臂的水門(mén)難以再戰(zhàn),，不過(guò)仍然在一旁支援邁特凱的戰(zhàn)斗,，在李投出三叉式苦無(wú)的瞬間，水門(mén)以飛雷神術(shù)舍身替阿凱轉(zhuǎn)移斑的陰陽(yáng)遁術(shù)攻擊,，以使阿凱的攻擊奏效,。當(dāng)斑施展無(wú)限月讀之際，水門(mén)對(duì)突然發(fā)生的異變感到驚訝,；而后,，水門(mén)為了保護(hù)鳴人而與其他三位火影一同趕往鳴人所在的地方。為弄清斑的死因,，第二代火影打算利用斑的下半身使用穢土轉(zhuǎn)生,，以此逼問(wèn)斑當(dāng)前的戰(zhàn)況，但因活祭品的問(wèn)題而被初代火影否定,，隨后四位火影嘗試別的辦法,，當(dāng)柱間觸摸到失敗的斑的下半身時(shí)，六道仙人留下的查克拉出現(xiàn),，四位火影見(jiàn)到了六道仙人,。在大筒木輝夜被封印后，與六道仙人以及其他16位已逝去的五影們共同使出通靈之術(shù),，將第七班,、九只尾獸以及瀕死狀態(tài)的宇智波斑從始球空間轉(zhuǎn)移回忍者世界。

　　在六道仙人解除穢土轉(zhuǎn)生之際，鳴人連忙趕到水門(mén)的面前,，水門(mén)微笑著向鳴人祝賀“生日快樂(lè)”,，鳴人流淚著向水門(mén)說(shuō)出了之前沒(méi)能說(shuō)出的各種話(huà)語(yǔ)，并希望水門(mén)能將這些話(huà)語(yǔ)傳達(dá)給母親,。水門(mén)說(shuō)“我一定會(huì)傳達(dá)給她的”,，之后水門(mén)的靈魂回歸凈土。

　　而即將成為火影候補(bǔ)的卡卡西與宇智波帶土,、野原琳為木葉隱村忍者學(xué)校的同期學(xué)員,。被分配到波風(fēng)水門(mén)所帶領(lǐng)的班級(jí)。在卡卡西年僅12歲,，即剛剛成為上忍之時(shí),，波風(fēng)水門(mén)帶隊(duì)去神無(wú)毗橋執(zhí)行的一次任務(wù)，水門(mén)班和第七班則剛好相反,，來(lái)自宇智波一族的帶土并不是隊(duì)中的精英,，而是個(gè)性格比較膽小、很愛(ài)哭的家伙,，故常被卡卡西嘲笑為愛(ài)哭鬼,。因此最開(kāi)始宇智波帶土和卡卡西雖在同一隊(duì)，但彼此的性格也不是非常合得來(lái),。帶土在整篇中雖然比較膽小，但對(duì)同伴很重視,，他得知琳被敵人抓走后立即要求卡卡西一同放棄任務(wù)也要先救伙伴,。

　　后來(lái)帶土了解到：卡卡西的父親旗木朔茂是一位了不起的偉大忍者，但在一次執(zhí)行任務(wù)中,，為救同伴選擇了放棄任務(wù),，結(jié)果給村里帶來(lái)了巨大的損失，他的父親受村人仇視,，就連所救的伙伴也反過(guò)來(lái)指責(zé)他,，木葉白牙最后自殺身亡。少年時(shí)期卡卡西親眼目睹其父含恨而終,，從此以后,，卡卡西性格變得冷漠，并且堅(jiān)持認(rèn)為,，身為忍者,，不能被感情所影響，有時(shí)候?yàn)榱送瓿扇蝿?wù),，同伴的犧牲也無(wú)法避免,。

　　由于琳在任務(wù)中被巖忍們抓走，帶土要求立即先拯救琳，但是如果這樣的話(huà)任務(wù)很可能會(huì)面臨失敗,，自己將會(huì)重蹈覆轍,，卡卡西毅然決定先執(zhí)行任務(wù)，后解救琳,，并且還說(shuō)感情這種東西只是執(zhí)行任務(wù)的絆腳石,，面對(duì)卡卡西的這種冷漠，帶土非常氣憤,，臨走前他對(duì)卡卡西說(shuō)“違反忍者規(guī)定的人,，我們稱(chēng)之為廢物?？墒?，不懂得重視同伴的人，連廢物都不如,！”并補(bǔ)充說(shuō)道：“木葉白牙才是真正的英雄,！”卡卡西表面若無(wú)其事，但內(nèi)心已有所動(dòng)搖,，最終下定決心,，先救同伴，趕來(lái)的卡卡西為了救帶土而被巖忍大石砍傷左眼,。在他們成功救回琳返回的過(guò)程中,，卡卡西被左方來(lái)的碎石擊中并倒在地上，帶土看見(jiàn),，立刻趕回來(lái)救卡卡西,，自己卻被壓在巨石下，右半身被壓碎,。臨終前帶土讓琳用醫(yī)療忍術(shù)將自己剛剛覺(jué)醒的寫(xiě)輪眼,，連眼軸一起移植到卡卡西受傷的左眼處，并對(duì)卡卡西說(shuō)：他希望自己能成為卡卡西的左眼,，幫助他看清未來(lái),。而卡卡西每天遲到幾個(gè)小時(shí)的理由也是因?yàn)槿ノ快`碑前看望帶土。神無(wú)毗橋之戰(zhàn),，這一天,，木葉產(chǎn)生了兩名擁有寫(xiě)輪眼的英雄，其中一人的名字被刻在了慰靈碑上,，另一個(gè)就是在忍界赫赫有名的“復(fù)制忍者卡卡西”,。在神無(wú)毗橋之戰(zhàn)結(jié)束后不久，卡卡西和琳就遭遇到霧忍的襲擊,，當(dāng)時(shí)體內(nèi)已經(jīng)被霧忍們植入三尾的琳為了保護(hù)木葉不受三尾的襲擊而沖向卡卡西的雷切自殺,?？ㄎ鲃t由于先后失去帶土和琳這兩位同伴而大受打擊，身體和精神都受到連續(xù)不斷的噩夢(mèng)折磨,。身為卡卡西曾經(jīng)老師的波風(fēng)水門(mén)為了讓卡卡西擺脫這種狀態(tài)而請(qǐng)求他加入暗部,，卡卡西也自此開(kāi)始了他的暗部生涯。

　　一進(jìn)入暗部的卡卡西被水門(mén)安排看護(hù)正在妊娠期的漩渦玖辛奈,，卡卡西輕輕松松完成了任務(wù),。直到漩渦鳴人出生，水門(mén)為保護(hù)村子而犧牲為止,。水門(mén)死后第三代火影重新?lián)瘟嘶鹩耙宦?，而志村團(tuán)藏為了奪取村子的控制權(quán)利用了卡卡西心中的黑暗，誹謗三代火影,?？ㄎ飨萑肓死Ь常欢ㄎ鞲鹩暗恼勗?huà)消除了心中的疑惑,。志村團(tuán)藏打算在三代火影前往火之國(guó)首都接受任命的途中將其殺死,，卡卡西中途背叛了團(tuán)藏使三代得以幸存。三代火影出于大局考慮赦免了團(tuán)藏的過(guò)錯(cuò),。在前幾次的行動(dòng)中卡卡西發(fā)現(xiàn)了團(tuán)藏直屬暗部-根中存在會(huì)使用木遁的忍者,，年齡符合之前木葉失蹤的一批兒童。在卡卡西潛入火影辦公室查閱資料時(shí)被三代火影發(fā)現(xiàn),，三代對(duì)卡卡西講述了這一切的來(lái)龍去脈,，并告訴卡卡西切勿輕舉妄動(dòng)。經(jīng)過(guò)一連串的事件以后,，大蛇丸的人體實(shí)驗(yàn)暴露,，但是面對(duì)曾經(jīng)自己最優(yōu)秀的學(xué)生，三代火影無(wú)法痛下殺手,，讓大蛇丸逃脫，但廢了大蛇丸的雙手,。第三代指示暗部一定要將大蛇丸帶回木葉,，一旦大蛇丸叛逃敵國(guó)將會(huì)對(duì)木葉造成巨大的損失，卡卡西受命前往尋找大蛇丸,。與此同時(shí)團(tuán)藏表面上與第三代火影“合作”,，實(shí)則為了幫助大蛇丸逃脫木葉的追殺，于是團(tuán)藏派出了“甲”前往秘密據(jù)點(diǎn),?？ㄎ髡`闖秘密據(jù)點(diǎn)被據(jù)點(diǎn)的人抓住，但甲暗中救了卡卡西一命,，當(dāng)卡卡西再度回到據(jù)點(diǎn)時(shí),，秘密據(jù)點(diǎn)的人已經(jīng)全部被大蛇丸殺死,，自己跟大蛇丸展開(kāi)了戰(zhàn)斗。大蛇丸自知再打下去對(duì)自己不利便撤退了,，卡卡西對(duì)甲和據(jù)點(diǎn)唯一幸存的人說(shuō)“我從來(lái)沒(méi)有來(lái)到過(guò)這里,，也沒(méi)有見(jiàn)到任何人，更沒(méi)有發(fā)現(xiàn)大蛇丸”,，便離開(kāi)了他們,。志村團(tuán)藏的右眼是寫(xiě)輪眼，由于多次使用已經(jīng)漸漸失明,，而宇智波一族擁有寫(xiě)輪眼的成員又很難下手,，故團(tuán)藏決定奪取卡卡西的寫(xiě)輪眼。之后團(tuán)藏假借任務(wù)為由使甲和卡卡西一同探查大蛇丸秘密據(jù)點(diǎn),。甲對(duì)卡卡西露出殺意時(shí)被卡卡西察覺(jué)并敗在卡卡西的手下,，經(jīng)過(guò)與卡卡西的一番對(duì)話(huà)之后甲消除了對(duì)卡卡西的疑惑。這時(shí)據(jù)點(diǎn)內(nèi)白磷大蛇復(fù)活,，卡卡西拼命保護(hù)甲,，最后失去了知覺(jué)，但甲并沒(méi)有奪取卡卡西的寫(xiě)輪眼而是背叛了團(tuán)藏,。最后卡卡西會(huì)見(jiàn)三代火影,，將甲從根調(diào)離而分配到了暗部卡卡西所在的一組，甲恢復(fù)了原名天藏,。

　　卡卡西的組缺少人手,，于是宇智波鼬便加入了卡卡西所在的一組，起初年紀(jì)比較小的鼬不被他人留意,，反而招來(lái)了冷嘲熱諷,，但不久之后鼬的能力展現(xiàn)了出來(lái)令所有人驚奇并由衷的佩服，直到宇智波叛亂鼬出走木葉結(jié)束,?？ㄎ髡f(shuō)過(guò)鼬加入了這么長(zhǎng)時(shí)間自己卻對(duì)他還是一無(wú)所知。由于邁特凱等人在和卡卡西一同執(zhí)行任務(wù)時(shí)親眼目睹了卡卡西冷血的眼神,，便連同同期忍者請(qǐng)求三代火影解放卡卡西讓其成為擔(dān)當(dāng)上忍收徒,，希望通過(guò)收徒改變卡卡西心中的黑暗，第三代火影同意了這個(gè)請(qǐng)求,。在成為擔(dān)當(dāng)上忍以后卡卡西立志不允許讓不懂得珍惜同伴的人成為忍者,，果然他所在的組通過(guò)率為0，卡卡西也在捫心自問(wèn)如果當(dāng)時(shí)波風(fēng)水門(mén)發(fā)現(xiàn)自己根本沒(méi)有團(tuán)隊(duì)意識(shí)的話(huà)會(huì)如何,。同時(shí)懷疑自己的要求是不是太苛刻了,。第三代火影跟卡卡西談話(huà)，再一次消除了卡卡西心中的疑慮,，而曾經(jīng)教過(guò)的學(xué)生們并沒(méi)有恨他反而很感謝他當(dāng)初的做法,，更加堅(jiān)定了卡卡西的信念,。