就在木葉崩潰戰(zhàn)后不久,、百廢待興時,，兩名隸屬于神秘組織——“曉”的S級叛忍來到了木葉村,。其中一人就是佐助的哥哥宇智波鼬,，另外一人是前“忍刀七人眾”之一的干柿鬼鮫,。他們前來木葉的目的,，就是為了逮捕“九尾人柱力”——漩渦鳴人,。中途卻遇上了兩名正在巡邏的上忍——猿飛阿斯瑪及夕日紅,，并打了起來。但鼬及鬼鮫的實(shí)力實(shí)在太強(qiáng),，阿斯瑪跟紅不久就敗下陣來,。此時，卡卡西剛好趕到,，復(fù)制鬼鮫的水鮫彈之術(shù),，并把鬼鮫逼退。他質(zhì)問鼬回來的目的,，瞬間又跟鼬進(jìn)行激戰(zhàn),，僅僅只是短暫的交手，鼬便將卡卡西,、阿斯瑪和紅逼入劣勢,，同時卡卡西為了保護(hù)其他兩人以及寫輪眼的副作用而有些疲憊。他深知鼬寫輪眼幻術(shù)的厲害,，所以勸阿斯瑪及紅閉上眼睛,，以免中了幻術(shù)?？ㄎ髡J(rèn)為只有自己的寫輪眼才能對付寫輪眼,，但誰不知鼬的寫輪眼是進(jìn)化了的萬花筒寫輪眼，實(shí)力差距太大,；再加上卡卡西沒有宇智波一族的血統(tǒng),，不能熟練運(yùn)用寫輪眼，用了不久體力便應(yīng)付不了,。因此,，鼬只使出了一招幻術(shù)--月讀，就令卡卡西的精神崩潰,，像是快要被鼬千刀萬剮似的,，沒辦法繼續(xù)作戰(zhàn)。由于鼬知道卡卡西認(rèn)識“曉”,，所以便決定要把他帶走,，并讓鬼鮫攻擊阿斯瑪及紅。幸虧好友邁特凱及時趕到,，把鬼鮫踢開,，成功救出卡卡西、阿斯瑪及紅。鼬知道阿凱不是個簡單的人物,，不欲多戰(zhàn),，便跟鬼鮫離去。而卡卡西則需到醫(yī)院接受治療,，直到綱手把他救醒為止,。自佐助執(zhí)行任務(wù)以來，多次需要鳴人的協(xié)助才能逃過危機(jī),，于是佐助開始對鳴人的能力感到嫉妒,。卡卡西對此是非常清楚的,，于是當(dāng)佐助跟鳴人在醫(yī)院天臺對戰(zhàn)時,，他及時阻止二人的戰(zhàn)斗，并化解了他們的螺旋丸及千鳥攻擊,。之后佐助獨(dú)自在樹上沉思時,，卡卡西便試圖開解他，認(rèn)為失去親人固然悲痛,，但卡卡西自己也曾嘗過這種滋味,；卡卡西說：“現(xiàn)在你已經(jīng)有鳴人這些朋友了，應(yīng)放下復(fù)仇之事,?！敝笠羧趟娜吮妬碚覍ぷ糁蛩簦R走的時候跟佐助說如果想得到力量就來找大蛇丸,，此話一直被佐助記住,。卡卡西的一番話并未真正令佐助茅塞頓開,。為了追尋強(qiáng)大的力量,，佐助決定跟隨音忍四人眾叛離木葉隱村。鹿丸四人小隊(duì)出發(fā),，鳴人和佐助苦戰(zhàn)也沒有成功將他帶回，佐助開啟了咒印的力量擊倒鳴人后離開,。綱手向卡卡西下達(dá)了S級任務(wù),，但是被卡卡西拒絕并表示這次是認(rèn)真的?？ㄎ髭s到終結(jié)之谷時,，佐助跟鳴人的決斗已結(jié)束，只剩下鳴人倒在地上,；他唯有把鳴人先帶回村里醫(yī)治,，再做下一步打算。曉組織捉去了擁有一尾力量的人柱力第五代風(fēng)影我愛羅。砂忍向木葉求援,，木葉派出卡卡西班,，砂隱的千代婆婆其后一同加入。第五代火影綱手再派出凱班作增援,，兩班分別在途中遇上‘曉’的成員宇智波鼬和鬼鮫,。后來與鳴人合作，及鳴人使出螺旋丸加強(qiáng)版--大玉螺旋丸,，將宇智波鼬的替身擊敗,。之后再遇上“曉”的成員迪達(dá)拉及赤砂之蝎，迪達(dá)拉以我愛羅的尸體把性格沖動的鳴人引開,。為了避免鳴人獨(dú)自行動,，他從后面追趕鳴人，留下櫻及千代婆婆暫時應(yīng)付蝎,。為了節(jié)省時間,，卡卡西開啟了萬花筒寫輪眼使用神威。但是此時卡卡西對他新的寫輪眼還不熟悉,，還不能熟練的控制結(jié)界空間的位置和大小,，瞳術(shù)打偏到了迪達(dá)拉的右手上，而且卡卡西在體力方面亦明顯不能支撐這種術(shù),，很快就感到疲憊,。掉下巨鳥的迪達(dá)拉變出分身，欲把他們?nèi)空ㄋ?，卡卡西又用神威把他和爆炸一起轉(zhuǎn)移到了另一個空間,。由于連續(xù)使用兩次萬花筒寫輪眼，卡卡西需要休息一段時間,。期間由來自暗部的天藏暫代七班的隊(duì)長,。猿飛阿斯瑪在對決曉不死組合飛段、角都時犧牲,，第十班矢志為老師復(fù)仇,。卡卡西主動請纓,，暫作為第十班的隊(duì)長,，去尋找飛段、角都,。甫一對戰(zhàn),，卡卡西便用寫輪眼看出了角都的土屬性結(jié)印并以雷切破了其土遁硬化術(shù)并刺穿其心臟。誰知對方擁有多個從其他忍者搶來的心臟所以沒有死,。并且角都能使用心臟所屬屬性的忍術(shù),。后飛段去攻擊卡卡西,，角都在后面攻擊，企圖利用飛段的不死之身將卡卡西消滅,，所幸被卡卡西及時躲開,。后卡卡西發(fā)動雙手雷切替第十班成員擋去了角都的偽暗。這時候局面以一敵二,，非常不利……連續(xù)的消耗使卡卡西喘不過氣來,；不過，最令卡卡西驚訝的,，就是角都居然曾經(jīng)跟初代火影對戰(zhàn)過,。這時角都欲以卡卡西的心臟填補(bǔ)被雷切摧毀的心臟。面對角都的風(fēng)火遁攻擊,，卡卡西用水陣壁抵擋,，但風(fēng)火克水；趁卡卡西不注意,，角都用“地怨虞”將他綁住,，準(zhǔn)備強(qiáng)行用血管挖出卡卡西的心臟。然而,，卡卡西在之前就取得了角都的血液并把它交給鹿丸,，飛段被鹿丸所騙誤用角都的血液使用咒術(shù)，角都心臟被破倒地,。但角都卻突然將全身的觸手伸出,，把卡卡西他們綁著，情況不利,?？ㄎ饔钩鋈f花筒寫輪眼，這時大和,，鳴人等趕到,，最后角都被鳴人的風(fēng)遁螺旋手里劍擊倒。而卡卡西以雷切擊敗倒在地上,、動彈不得的角都,，摧毀他最后一個心臟，后把角都的尸體帶回木葉村給綱手研究,。為得知曉的情報,，追尋佐助的下落，木葉決定鎖定鼬,，新七班和第八班聯(lián)手行動,。后眾人與“曉”的新成員——一個戴著面具,、自稱“宇智波斑”的神秘男子對戰(zhàn),。“面具男”憑借出神入化的時空間忍術(shù)將木葉眾人玩弄于股掌之中，眾人的攻擊均對其無效,。之后絕突然出現(xiàn),，宣告佐助和鼬的戰(zhàn)斗已經(jīng)結(jié)束，鼬已死亡,。達(dá)到目的“斑”離開,，向卡卡西顯露寫輪眼，并搶先一步趕到?jīng)Q戰(zhàn)現(xiàn)場,，和絕一起帶走了佐助,。佩恩六道突然來襲，木葉陷入混亂局面,。正當(dāng)伊魯卡老師照顧受傷的木葉忍者時,，遇上了佩恩天道，幸好卡卡西及時相救才沒事,，卡卡西快速躲開佩恩的攻擊,，并結(jié)印召喚土流壁，欲以雷切攻擊,，卻被佩恩使用神羅天征彈開,。卡卡西又召喚雷分身,，發(fā)出雷犬試探,。可是雷犬也被吸收,。后修羅道也出現(xiàn),，聯(lián)合萬象天引，卡卡西的雷分身被破,。此時卡卡西已經(jīng)了解到佩恩的部分能力就是“類似于引力和斥力”的東西,。二對一的情況絕對不利……秋道父子趕到攻向佩恩，修羅道被之前破掉的雷分身擊中,，無法逃脫而被“打扁”,。卡卡西告知丁次父子,，佩恩能力的5秒間隔時間和自己的計(jì)劃,。隨后，卡卡西佯裝從地底突襲佩恩,，佩恩被迫又一次使出神羅天征將卡卡西彈開,，在天道走近卡卡西欲攻擊他之時，秋道父子出動肉彈戰(zhàn)車攻擊佩恩,，實(shí)則是要借佩恩的能力將他們彈開,。佩恩以為只是單純的攻擊,，卻沒想到卡卡西在實(shí)行地面攻擊之前就將鐵鏈布置在了地下。佩恩天道被牢牢地束縛在了中間,，卡卡西用雷切準(zhǔn)備攻擊,。可是這時,，未被殺死的修羅道卻出現(xiàn)在卡卡西的雷切前,，這為天道再次使用“神羅天征”爭取時間。天道害怕卡卡西還有其他打算,，打算和卡卡西保持一定距離,，用釘子射向卡在廢墟中無法動彈的卡卡西，但被卡卡西用神威轉(zhuǎn)移,。修羅道向丁次發(fā)射了跟蹤導(dǎo)彈,，此時卡卡西的查克拉已所剩不多，但是他最后發(fā)動了神威將導(dǎo)彈轉(zhuǎn)移到異空間,，保護(hù)丁次,。因?yàn)榭ㄎ髡f：這是為了拯救木葉的最好方法——將自己好不容易得來的情報交給能離開的人。虛耗過度的卡卡西,，想起了琳,、帶土、第四代火影以及他父親……綱手通過通靈獸感知到卡卡西的狀況后,，憤怒的破壞一根柱子……鳴人回到木葉后,，因變成仙人模式可以感覺到大家的查克拉，但沒有感覺到卡卡西的查克拉,。后鳴人成功感化佩恩的本體——長門,，長門運(yùn)用外道·輪回天生之術(shù)使全木葉村所有人復(fù)活?？ㄎ髟诰袷澜缰幸姷礁赣H后醒來,。綱手在佩恩一戰(zhàn)后仍然昏迷，火之國召開會議推選新的火影,，卡卡西被奈良鹿久提名為火影候選人,，并受到火之國大名和高層認(rèn)可，然而在團(tuán)藏的影響下,，大名任命團(tuán)藏為六代火影,。團(tuán)藏下達(dá)了追捕佐助的命令，鳴人執(zhí)意反對,，卡卡西開導(dǎo)鳴人,，并對佐井表示信任?？ㄎ?、大和與鳴人三人小隊(duì)暗地離開木葉,，途中遇到雷影一行人。鳴人跪地懇求無效,，卡卡西也幫忙勸說未果?！懊婢吣杏钪遣ò摺痹俅尾徽堊詠?，被大和用木遁束縛，卡卡西以雷切威脅“斑”說出目的,?！鞍摺闭f了一番大道理后以時空間忍術(shù)離開。我愛羅推薦旗木卡卡西,，受到眾影認(rèn)可,。木葉與鳴人同期的學(xué)員商議由他們解決佐助。櫻作為代表與佐井,、小李,、牙一行找到鳴人，向鳴人告白,，鳴人不解其意,，櫻憤怒離去。佐井分身出現(xiàn),，說明真相,，向鳴人解釋了櫻的想法。眾人驚訝,，卡卡西已猜出大概,，櫻想自己去解決佐助。隨后,，風(fēng)影我愛羅一行人來到,，告知了卡卡西五影會議推薦他為火影之事?？ㄎ鞅硎舅麑鹩爸麤]有興趣,，但既然需要他會擔(dān)起這個責(zé)任。找到剛剛殺死團(tuán)藏的櫻欺騙佐助要背叛木葉加入他的隊(duì)伍,，佐助開出條件是要櫻動手殺掉香燐,。就在櫻準(zhǔn)備用毒苦無刺殺佐助時，佐助早已先下手為強(qiáng)想殺害櫻,，跟蹤許久的卡卡西飛身救下櫻,，并與佐助對戰(zhàn)?？ㄎ髅靼鬃糁娴膲櫬淞?。想到了第七班的過去,，他決定自己要背負(fù)這個重?fù)?dān)，于是與佐助展開戰(zhàn)斗,?？ㄎ髦赋鲎约翰幌霘⒆糁駥?dǎo)他放棄復(fù)仇,，但這更加深了佐助的憤怒,，使出了須佐能乎完全體攻擊卡卡西?？ㄎ鞫惚懿涣吮闶钩錾裢銖?qiáng)將須佐的箭轉(zhuǎn)移到異空間,。佐助因?yàn)檫^度使用萬花筒寫輪眼而突然失去了光明，而櫻在身后欲攻擊佐助,，然而卻舉棋不定,。佐助毫不留情地攻擊了櫻，而卡卡西因?yàn)槭钩隽松裢?dǎo)致身體反應(yīng)遲鈍,，已經(jīng)趕不上去救櫻,，幸而鳴人及時趕到使櫻免遭其害。五大忍國與“面具男宇智波斑”之間的戰(zhàn)爭,，忍者聯(lián)軍八萬忍者集結(jié)主要分為五大部隊(duì),。第三部隊(duì)是中短距離支援部隊(duì)，由兼?zhèn)渌俣群腕w力的忍者組成,，旗木卡卡西擔(dān)任隊(duì)長,。卡卡西結(jié)束和被藥師兜穢土轉(zhuǎn)生復(fù)活的忍刀七人眾的戰(zhàn)斗后,，與阿凱在“斑”欲吸收鳴人的一瞬間夾擊“斑”,，但被“斑”覺并且躲過，成功救出了鳴人,。在與“斑”的對戰(zhàn)中因不敵“斑”,，而與被“斑”控制的尾獸僵持，僵持一段時間后,，尾獸集體準(zhǔn)備發(fā)出尾獸玉攻擊卡卡西與阿凱,，危急時刻，卡卡西欲使出神威將尾獸玉轉(zhuǎn)移,，阿凱卻認(rèn)為尾獸玉過于巨大無法全部轉(zhuǎn)移,，欲犧牲自己開八門遁甲的第八門死門來抵擋尾獸玉，最終被鳴人九尾模式所救,，“斑”使用九大尾獸的查克拉復(fù)活十尾,，忍者聯(lián)軍抵達(dá)戰(zhàn)場，在忍者聯(lián)軍的接連攻擊下將十尾暫時控制住，此時卡卡西已經(jīng)很累,，被鳴人傳輸了九尾的查克拉以后,，體力恢復(fù)。鳴人用螺旋丸攻擊帶土,，“斑”用宇智波團(tuán)扇反彈,。于是使出迷你尾獸玉向“斑”發(fā)動攻擊卻穿身而過。邁特凱的攻擊也是穿身而過,。鳴人四人碰不到“斑”的身體,。一切皆為徒勞.......